آیت‌الله حاج سید محمد وحیدی شبستری، در سال ۱۲۹۵هجری شمسی در شهرستان شبستر در استان آذربایجان شرقی به دنیا آمد. پدرش آیت‌الله حاج سیدرضی‌الدین از علمای برجسته‌ی شبستر بود. پدربزرگ او حاج سیدمحمد و نیز جدش آیت‌الله علامه حاج سیداسماعیل شبستری از شاگردان آیات عظام صاحب جواهر و شیخ حسن کاشف‌الغطا از علمای شبستر بودند که مزارش محل مراجعه‌ی عام و خاص می‌باشد .او پس از فراگیری خواندن و نوشتن و ادبیات در زادگاهش، در ۱۳۵۲ق به تبریز رفت و در مدرسه‌ی طالبیه ساکن شد.