همزمان با اولین همایش گناباد شناسی كه در مهرماه 1376 برگزار شد ، موزه گناباد در شبستان شمال شرقی مسجد جامع این شهرستان در مساحت حدود 220 مترمربع افتتاح شد . فضای داخلی این موزه دارای ستون و جزرهایی بسیار محكم و طاق های متعدد به طول 17 و 7/11 متر است . دو محراب تاریخی داخل این شبستان قرار دارد كه یكی از دوره ایلخانی و دیگری از دوره خوارزمشاهیان شكل گرفته است . اشیای به نمایش درآمده عبارتند از : برگهایی از قرآن كریم به خط كوفی مربوط به قرن 3 تا 5 هجری ، برخی از این اوراق بر روی پوست آهو نوشته شده اند . نسخ خطی قرآن مربوط به دوره تیموری و قاجاریه نسخ معارف اسلامی از مشاهیری چون كلینی و علامه مجلسی ظروف و اشیای فلزی دوران اسلامی كتیبه های سنگی اطراف بنای مدرسه نجومیه گناباد اشیای اهدایی مردم شهرستان به موزه از اشیاء مهم دو كتاب زاد المعاد و حق االیقین علامه مجلسی و نسخه خطی مربوط به قرن 3 و 4 قمری و یك ظرف بزرگ آبگیر دار مربوط به دوره ی سلجوقی میباشد . از مسائل دیگر و مهم موزه محرابی است كه داخل شبستان ایجاد شده است و به دوران ایلخانی بر میگردد كه در زمان عملیات و مرمت مسجد و شبستان از زیر ستون بیرون آمده است. چند بخش دیگر مانند تصاویر آثار باستانی و قرفه ی فروش نشریات سازمان میراث فرهنگی در این موزه ایجاد شده است .