گورستان عصر آهن سال 1376 بر اثر یک عملیات خاکبرداری ساده در جوار مسجد کبود تبریز کشف شد. در سال 1379 عملیات حفاری آغاز شده و پس از آن کاوش های باستان شناسی توسط باستان شناسان مطرح کشور بر روی این منطقه تا سال 1382 ادامه یافت و گورستان مربوط به عصر آهن شناسایی شد. آثار و اشیای به دست آمده شامل ظروف سفالی و اشیای زینتی است که همراه اسکلت ها و از داخل کوزه ها به دست آمده است. قدمت تاریخی این آثار به هزاره اول قبل از میلاد یعنی دوره آهن برمی گردد و شاید قدمت این آثار است که این سایت موزه را دارای ارزشی جهانی کرده است. پس از تکمیل بررسی های صورت گرفته، 38 گور متعلق به دوره عصر آهن در آن کشف شد که اکثر آن ها به صورت جنینی دفن شده بودند و سال 85 ، سالی بود که بالاخره این سایت موزه به عنوان اولین موزه صحرایی ایران آغاز به كار كرد. علت قرار گرفتن کلمه سایت در کنار کلمه موزه این است که در کل موزه هایی که به شکل طبیعی در محوطه کاوش های باستان شناسی برقرار شده و در آن آثار کشف شده بدون تغییر و دستچین شدن به نمایش در می آیند، به نام سایت موزه معروف می شوند. وجود سفال های بیشتر در کنار برخی از این اجساد نیز به احتمال زیاد نشان از ثروتمندتربودن آن ها نسبت به سایر همسایگان دفن شده در کنارشان است. همچنین وجود ظروف سفالی و اثرات غذا در کنار بعضی اجساد و همچنین دفن شدن آن ها به شکل جنینی یا چمباتمه ای و تفاوت جهت بدن و صورتشان تاییدی بر مهرپرست بودن این اجساد کشف شده است، زیرا برخی از کارشناسان جهت صورت را به زمان دفن ارتباط داده و آن را به سمت محل قرار گرفتن آفتاب می دانند. مسئله قابل توجه در این قبرستان تدفین ثانویه تعدادی از این اجساد است که نشان دهنده اهمیت و قداست این قبرستان در قرون گذشته است،آن جایی که مردم کوچ نشین قبیله اجساد خانواده خود را که در محل دیگری فوت کرده بودند به این مکان منتقل و در این محل که از اهمیت و قداست خاصی برخوردار بوده دفن می کرده اند. برخی کارشناسان می گویند این بنا حالت تپه مانند داشته و این امر باعث شده سطح گورها با هم متفاوت بوده و اجساد در یک سطح و عمق ثابت دفن نشوند. گروه کاوش برای رسیدن به پایین ترین لایه، قبور لایه های بالاتر را جمع کرده تا پس از مرمت و تهیه شناسنامه معرفی، در محفظه هایی به شکل تابوت شیشه ای به نمایش درآیند.