قدیمی ترین آثار تاریخی چهارمحال و بختیاری با بیش از 9 هزار سال قدمت در موزه باستان شناسی شهرکرد نگهداری می شود. این اشیاء ابزارهای سنگی ریز و درشت با پیکره های گلی و ابزار استخوانی از دوره نوسنگی است. ابزار سنگی این موزه نمونه هایی از نخستین تولیدات تکنیکی انسانهای دوره نوسنگی است که در ساخت آنها از روشهای ماهرانه ای استفاده شده است.: پیکره های گلی این دوره نیز در ارتباط با فرهنگ و آیین های مذهبی دوره نو سنگی هستند ؛ ظروف سفالی نخودی منقوش به نقوش هندسی به رنگ سیاه متعلق به هزاره های چهارم و پنجم قبل از میلاد ، آجر نوشته به خط میخی دوران ایلام میانه متعلق به هوته و اوتوش اینشوشیناک پادشاه این دوره ،‌ ظروف مفرغی ساده و نقش دار در فرمهای مختلف شامل کاسه ، لیوان ، ظروف لوله دار و بشقاب های مفرغی ازدوران مادها از دیگر میراث تاریخی است که در این موزه نگهداری می شود. کاسه سنگی کتیبه دار، با کتیبه میخی متعلق به دوره هخامنشی با این مضمون که « اهورا مزدا این کشور را از دشمن، دروغ و خشکسالی حفظ کن » و در چوبی مسجد اتابکان شهرکرد از دوره صفویه ، موزه زیور آلات طلایی از دوره سلوکی و همچنین سکه های طلا و نقره ای از امپراتوری روم گوشه هایی دیگر از آثار تاریخی نگهداری شده در این موزه است. موزه باستان شناسی شهرکرد با تغییرکاربری بنای تاریخی حمام پرهیزگار ساخته شده است. این بنا در سال 1326 شمسی توسط حاج ابولقاسم آزاد چالشتری و از محل مایملک حاج آقا حسین پرهیزگار ساخته شد و در سال 1334 شمسی وقف عام گردیده است. ساختمان موزه یکی از آخرین بناهای دوران معاصر است که به شیوه معماری سنتی حمام های تاریخی کشورساخته شده است.